搭上日本奧運熱潮，一場突發事件將破壞世界最大體育祭典！世界最大的體育盛會「WSG -World Sports Games-」暌違多年將在東京舉辦。日本為盛大舉行開幕儀式，展現日本最尖端技術──世界首創最高時速1000km的「真空超電導新幹線」，在新名古屋站和東京之間開通！

在世人目光的注視下，知名大會贊助商匯集的會場中，各大企業老闆光天化日下相繼被綁架。此時，卻發現赤井秀一竟在背地監視，並指揮FBI成員們的行動。同時，柯南想起15年前在美國波士頓發生的驚悚WSG連續綁架事件也是由FBI負責偵查，或許這一場事件，敵人就是自己人，然而各種證據顯示出的不在場證明，難以讓真相水落石出……